海下灣水質潔淨， 有繁茂的珊瑚群落 。 本港錄得的八十八種石珊瑚中 ， 有五 十九種可在該處找到 。 多個石珊瑚品 種 ， 包括刺星珊瑚 、 剌葉珊瑚 、 蜂 巢珊瑚 、牡丹珊瑚及扁腦珊瑚都可在海下灣找到。 海下灣亦錄得超過一 百二十種珊瑚礁魚類 。 此外， 還找到多種海洋生物如海星及水母， 亦進一步證明該處的生態價值極高 。
另外, 海下灣也有沙灘的生境, 其變化多端 。 當地的紅樹及石灘等沿岸 生境甚具生態價值。