荔枝窩有一群群的石珊瑚覆蓋沿岸淺水區，珊瑚群內又棲息各式各樣的海洋生物，形成一幅內容豐富的海底圖畫。除此之外，也有昔日曾經遍生於了本港沙沼的飛白楓海星和矮大葉藻。
海草在香港是稀有的。香港總共有四種海草，它們分別是貝克喜鹽草(Halophila beccarii)、喜鹽草(H. ovata)、川蔓藻(Ruppia maritima) 和矮大葉藻(Zostera japonica)。在荔枝窩便發現矮大葉藻。海草可為多種生存在海岸的海洋動物提供庇護所、食物和哺育的地方。
此處有全港最大的風水林, 植物品種繁多;
入村前經過棄耕農地旁有多棵銀葉樹，樹身為粗於手臂的白花魚藤互相糾纏，此生境為全港所獨有