大蠔河是香港境內最完整的河流系統之一，曾紀錄有四十多種淡水魚類〔佔全港紀錄140種淡水魚中的三分一〕，而且是唯一在香港境內可以找到類似三文魚有洄游的特性的「香魚」的地點。
擁有多樣化的生態環境, 包括風水林、紅樹林及泥灘。
大蠔西岸仍可找到稀有的貝克喜鹽草(Halophila beccarii), 及本地現時已屬稀有的馬蹄蟹。
大蠔河旁的濕地中可找到以吸食細胞液為生的裸鰓類生物(Elysia flavomacula)。